Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP39Q53GS9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms