Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD9Q3L8U1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.72
CHD9Q3L8U1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHD9Q3L8U1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms