Protein–RNA interactions for Protein: P09341

CXCL1, Growth-regulated alpha protein, humanhuman

Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CXCL1P09341 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CXCL1P09341 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CXCL1P09341 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CXCL1P09341 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CXCL1P09341 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CXCL1P09341 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms