Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 TGIF1-221ENST00000552383 1267 ntTSL 215.87■□□□□ 0.131e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.21e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 TGIF1-209ENST00000546979 554 ntTSL 312.52□□□□□ -0.411e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 TGIF1-211ENST00000548489 1536 ntTSL 3 BASIC6.45□□□□□ -1.381e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 TGIF1-215ENST00000549780 801 ntTSL 55.12□□□□□ -1.591e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 TGIF1-212ENST00000549253 563 ntTSL 34.78□□□□□ -1.641e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 PTP4A1-203ENST00000473334 638 ntTSL 321.47■■□□□ 1.034e-10■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 PTBP1-209ENST00000586481 578 ntTSL 318.88■□□□□ 0.612e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 PTBP1-216ENST00000590887 642 ntTSL 313.04□□□□□ -0.322e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 DST-232ENST00000524186 569 ntTSL 413.18□□□□□ -0.38e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 DST-203ENST00000340834 5024 ntTSL 27.49□□□□□ -1.218e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.84e-9■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.274e-9■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.182e-6■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.022e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 KDM6B-204ENST00000571047 362 ntTSL 59.94□□□□□ -0.822e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.544e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.274e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 SLC35A2-216ENST00000635460 706 ntTSL 522.97■■□□□ 1.274e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 SLC35A2-215ENST00000635285 2046 ntTSL 522.77■■□□□ 1.244e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.484e-8■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 ATP7B-208ENST00000482841 1845 ntTSL 217.23■□□□□ 0.354e-8■□□□□ 11.1
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PRPF4O43172 UNC45A-201ENST00000394275 4002 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.487e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 UNC45A-202ENST00000418476 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.557e-6■□□□□ 11
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PRPF4O43172 UNC45A-216ENST00000639885 3255 ntTSL 5 BASIC10.69□□□□□ -0.77e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 USP7-203ENST00000542333 1966 ntTSL 29.13□□□□□ -0.957e-6■□□□□ 11
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PRPF4O43172 USP7-202ENST00000381886 3587 ntTSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.527e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 USP7-209ENST00000564117 479 ntTSL 45.21□□□□□ -1.587e-6■□□□□ 11
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PRPF4O43172 SEPT2-215ENST00000429791 724 ntTSL 420.67■□□□□ 0.92e-8■□□□□ 11
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PRPF4O43172 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.083e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 13e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 COPS8-207ENST00000470452 1005 ntTSL 1 (best)20.93■□□□□ 0.943e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 ROBO3-212ENST00000529658 2272 ntTSL 220.01■□□□□ 0.793e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 SELENOW-206ENST00000598273 2437 ntTSL 218.97■□□□□ 0.633e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 ROBO3-204ENST00000525448 2139 ntTSL 1 (best)17.65■□□□□ 0.423e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.373e-6■□□□□ 11
PRPF4O43172 COPS8-204ENST00000419015 584 ntTSL 317.38■□□□□ 0.373e-6■□□□□ 11
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