Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC112Q8NEF3 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms