Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC3Q9NQT5 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
EXOSC3Q9NQT5 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms