Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NUP88Q99567 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
NUP88Q99567 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NUP88Q99567 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms