Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HTTP42858 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HTTP42858 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
HTTP42858 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HTTP42858 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HTTP42858 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HTTP42858 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HTTP42858 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HTTP42858 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
HTTP42858 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
HTTP42858 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HTTP42858 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HTTP42858 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HTTP42858 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
HTTP42858 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HTTP42858 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HTTP42858 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HTTP42858 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HTTP42858 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HTTP42858 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
HTTP42858 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HTTP42858 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HTTP42858 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HTTP42858 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HTTP42858 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HTTP42858 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HTTP42858 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HTTP42858 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HTTP42858 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HTTP42858 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
HTTP42858 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HTTP42858 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HTTP42858 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HTTP42858 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
HTTP42858 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HTTP42858 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HTTP42858 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HTTP42858 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC27.53■■■□□ 2
HTTP42858 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HTTP42858 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.53■■■□□ 2
HTTP42858 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HTTP42858 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HTTP42858 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HTTP42858 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HTTP42858 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HTTP42858 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HTTP42858 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
HTTP42858 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HTTP42858 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HTTP42858 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HTTP42858 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HTTP42858 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HTTP42858 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HTTP42858 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HTTP42858 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HTTP42858 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HTTP42858 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms