Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TIMP3P35625 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TIMP3P35625 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TIMP3P35625 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TIMP3P35625 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TIMP3P35625 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TIMP3P35625 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TIMP3P35625 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TIMP3P35625 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TIMP3P35625 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TIMP3P35625 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TIMP3P35625 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TIMP3P35625 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TIMP3P35625 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TIMP3P35625 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TIMP3P35625 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms