Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
NKX2-6A6NCS4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NKX2-6A6NCS4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.32■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.32■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.3■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
NKX2-6A6NCS4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NKX2-6A6NCS4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NKX2-6A6NCS4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NKX2-6A6NCS4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NKX2-6A6NCS4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NKX2-6A6NCS4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms