Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms