Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCAPERQ9BY12 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCAPERQ9BY12 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms