Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms