Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HMGB4Q8WW32 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HMGB4Q8WW32 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB4Q8WW32 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms