Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP53Q70EK8 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP53Q70EK8 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms