Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
SNHG28P0DPA3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SNHG28P0DPA3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.5 ms