Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL4A1P02462 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC30.14■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC30.08■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC30.07■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.41
COL4A1P02462 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
COL4A1P02462 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC30■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
COL4A1P02462 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms