Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TNFP01375 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TNFP01375 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TNFP01375 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TNFP01375 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TNFP01375 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TNFP01375 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TNFP01375 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TNFP01375 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
TNFP01375 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TNFP01375 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TNFP01375 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TNFP01375 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TNFP01375 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TNFP01375 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TNFP01375 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TNFP01375 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TNFP01375 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TNFP01375 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TNFP01375 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TNFP01375 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TNFP01375 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TNFP01375 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TNFP01375 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TNFP01375 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TNFP01375 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TNFP01375 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TNFP01375 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TNFP01375 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TNFP01375 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TNFP01375 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TNFP01375 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TNFP01375 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TNFP01375 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TNFP01375 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TNFP01375 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TNFP01375 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TNFP01375 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TNFP01375 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TNFP01375 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms