Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
USF1P22415 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
USF1P22415 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
USF1P22415 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
USF1P22415 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
USF1P22415 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USF1P22415 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USF1P22415 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
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