Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.034e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 FAM98C-206ENST00000588348 2530 ntTSL 221.32■■□□□ 14e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-206ENST00000480661 2279 ntTSL 1 (best)21.07■□□□□ 0.962e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 NDUFS7-211ENST00000539882 555 ntTSL 418.32■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 FAM98C-204ENST00000586372 4133 ntTSL 215.25■□□□□ 0.034e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-201ENST00000234875 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 HPS5-203ENST00000396253 4725 ntTSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.733e-7■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 DHX57-204ENST00000474104 4016 ntTSL 1 (best)10.18□□□□□ -0.787e-7■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-202ENST00000462296 600 ntTSL 39.27□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-207ENST00000484532 449 ntTSL 2 BASIC9.05□□□□□ -0.962e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 HPS5-201ENST00000349215 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.66□□□□□ -1.023e-7■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-208ENST00000497965 786 ntTSL 2 BASIC7.99□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 HPS5-205ENST00000438420 4147 ntTSL 1 (best) BASIC6.87□□□□□ -1.313e-7■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RALA-203ENST00000436179 882 ntTSL 219.69■□□□□ 0.744e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.697e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.097e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.097e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 CYTH1-215ENST00000591455 3286 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.217e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 GALNT10-205ENST00000519235 329 ntTSL 313.06□□□□□ -0.328e-9■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 GALNT10-204ENST00000517958 3149 ntTSL 1 (best)9.63□□□□□ -0.878e-9■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 EIF2AK2-201ENST00000233057 10042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.16□□□□□ -1.584e-9■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 XPO4-201ENST00000255305 9921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.662e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 XPO4-202ENST00000400602 9884 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC2.49□□□□□ -2.012e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 AHDC1-203ENST00000480033 546 ntTSL 519.98■□□□□ 0.791e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.053e-7■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 NXF1-207ENST00000530875 1922 ntTSL 1 (best)14.81□□□□□ -0.043e-7■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.13e-7■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 NXF1-211ENST00000531709 4128 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.573e-7■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.34e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 ASS1-203ENST00000372393 1548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 ASS1-201ENST00000352480 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 TULP4-201ENST00000367094 5170 ntTSL 1 (best) BASIC10.42□□□□□ -0.744e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 TULP4-202ENST00000367097 11295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.81□□□□□ -14e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 SGMS1-208ENST00000608287 542 ntTSL 421.08■□□□□ 0.974e-6■■■■■ 117.6
SF3B1O75533 GSK3B-202ENST00000316626 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 RCSD1-201ENST00000361496 822 ntTSL 321.73■■□□□ 1.073e-6■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-201ENST00000265662 8154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.183e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-203ENST00000371605 8151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.193e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-202ENST00000341511 8063 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.33e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-218ENST00000487109 8031 ntTSL 1 (best)12.76□□□□□ -0.373e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-223ENST00000614293 8146 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.383e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 ABCA2-208ENST00000459850 8073 ntTSL 1 (best)12.47□□□□□ -0.413e-7■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 COG5-208ENST00000475638 592 ntTSL 34.38□□□□□ -1.715e-6■■■■■ 117.5
SF3B1O75533 TMEM74B-203ENST00000481747 582 ntTSL 230.79■■■□□ 2.526e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-208ENST00000483868 1720 ntTSL 529.62■■■□□ 2.335e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-203ENST00000393400 1831 ntTSL 1 (best)28.58■■■□□ 2.175e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.15e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 EFHC1-204ENST00000491749 496 ntTSL 427.12■■□□□ 1.936e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.925e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.915e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-211ENST00000589425 1944 ntTSL 1 (best)20.77■□□□□ 0.926e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-209ENST00000588169 1700 ntTSL 220.35■□□□□ 0.856e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.836e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.796e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-212ENST00000589426 2033 ntTSL 1 (best)19.51■□□□□ 0.716e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 MROH1-203ENST00000525287 2065 ntTSL 218.73■□□□□ 0.596e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.536e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-210ENST00000588281 1776 ntTSL 1 (best)18.17■□□□□ 0.56e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-202ENST00000585521 721 ntTSL 518.04■□□□□ 0.486e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TMEM74B-202ENST00000429036 983 ntAPPRIS ALT2 TSL 317.07■□□□□ 0.326e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPCN1-203ENST00000428632 2296 ntTSL 216.55■□□□□ 0.246e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 EFHC1-235ENST00000637849 2746 ntTSL 516.5■□□□□ 0.236e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.16e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.086e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 IFT140-204ENST00000439987 2580 ntTSL 215.48■□□□□ 0.076e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 ZNF530-203ENST00000597864 634 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.026e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PAQR8-203ENST00000512121 582 ntTSL 314.23□□□□□ -0.136e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 LIMS1-205ENST00000410093 1526 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.155e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 ZNF530-205ENST00000600619 2742 ntTSL 1 (best)13.6□□□□□ -0.236e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-214ENST00000591996 3062 ntTSL 1 (best)13.2□□□□□ -0.36e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TESK2-202ENST00000372086 3074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.36e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TESK2-203ENST00000486676 3019 ntTSL 512.85□□□□□ -0.356e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 SFI1-220ENST00000476010 745 ntTSL 412.79□□□□□ -0.366e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 ZNF530-201ENST00000332854 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.416e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-205ENST00000586355 584 ntTSL 412.36□□□□□ -0.436e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 TPCN1-202ENST00000392569 2558 ntTSL 2 BASIC11.22□□□□□ -0.616e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PAQR8-201ENST00000360726 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.666e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 PGS1-203ENST00000586019 572 ntTSL 410.86□□□□□ -0.676e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 LIMA1-201ENST00000341247 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.726e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 SFI1-223ENST00000484806 567 ntTSL 48.59□□□□□ -1.036e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 LIMA1-213ENST00000552720 2457 ntTSL 1 (best)7.65□□□□□ -1.186e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 LIMA1-202ENST00000394943 3669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.26e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 SEH1L-210ENST00000592582 4072 ntTSL 1 (best)6.05□□□□□ -1.446e-6■■■■■ 117.3
SF3B1O75533 AMDHD2-212ENST00000566706 940 ntTSL 524.5■■□□□ 1.515e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 RHBDF1-210ENST00000487201 1708 ntTSL 524.28■■□□□ 1.488e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-211ENST00000565963 844 ntTSL 522.82■■□□□ 1.245e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-214ENST00000567475 714 ntTSL 222.54■■□□□ 1.25e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-209ENST00000563633 1117 ntTSL 521.8■■□□□ 1.085e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-217ENST00000569879 924 ntTSL 321.6■■□□□ 1.055e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-208ENST00000563556 490 ntTSL 421.6■■□□□ 1.055e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 SLC43A2-208ENST00000574743 2030 ntTSL 1 (best)21.06■□□□□ 0.962e-7■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.935e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 SLC43A2-206ENST00000572801 915 ntTSL 520.09■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-215ENST00000568263 1482 ntTSL 219.66■□□□□ 0.745e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 SLC43A2-205ENST00000572135 2074 ntTSL 1 (best)19.38■□□□□ 0.692e-7■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 AMDHD2-216ENST00000569219 735 ntTSL 219.27■□□□□ 0.685e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 RHBDF1-206ENST00000450643 615 ntTSL 418.38■□□□□ 0.538e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 KIF22-209ENST00000569636 834 ntTSL 517.7■□□□□ 0.421e-22■■■■■ 117.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1297.1 ms