Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC3Q9BQI4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC3Q9BQI4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124.1 ms