Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SKA3Q8IX90 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms