Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL7A1Q02388 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL7A1Q02388 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms