Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA4Q00056 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA4Q00056 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.5 ms