Protein–RNA interactions for Protein: P53667

LIMK1, LIM domain kinase 1, humanhuman

Predictions only

Length 647 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMK1P53667 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMK1P53667 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMK1P53667 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMK1P53667 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms