Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TIMP3P35625 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TIMP3P35625 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.2 ms