Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SNHG28P0DPA3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SNHG28P0DPA3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SNHG28P0DPA3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.1 ms