Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -07e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-231ENST00000488731 740 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.017e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-224ENST00000481139 1051 ntTSL 214.93□□□□□ -0.027e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-233ENST00000525160 670 ntTSL 514.68□□□□□ -0.067e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-223ENST00000479746 971 ntTSL 313.78□□□□□ -0.27e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-218ENST00000470256 839 ntTSL 313.19□□□□□ -0.37e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-236ENST00000529984 1029 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.327e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 MUTYH-221ENST00000476789 932 ntTSL 211.8□□□□□ -0.527e-7■■■■■ 118.5
SF3B1O75533 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 118.4
SF3B1O75533 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.171e-6■■■■■ 118.4
SF3B1O75533 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 118.4
SF3B1O75533 LSS-201ENST00000356396 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.131e-6■■■■■ 118.4
SF3B1O75533 MAML2-201ENST00000524717 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.66e-6■■■■■ 118.4
SF3B1O75533 USP20-201ENST00000315480 4458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 118.3
SF3B1O75533 USP20-202ENST00000358355 4371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 118.3
SF3B1O75533 USP20-203ENST00000372429 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.463e-6■■■■■ 118.3
SF3B1O75533 SBF2-201ENST00000256190 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.922e-6■■■■■ 118.3
SF3B1O75533 ITGA2B-209ENST00000592462 3189 ntTSL 518.37■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 ITGA2B-201ENST00000262407 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.161e-8■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.171e-8■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.166e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-224ENST00000638076 2323 ntTSL 1 (best)22.18■■□□□ 1.146e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.096e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-208ENST00000567060 945 ntTSL 218.02■□□□□ 0.486e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-219ENST00000637329 1204 ntTSL 516.2■□□□□ 0.186e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 CLN6-217ENST00000636964 3335 ntTSL 211.75□□□□□ -0.536e-9■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 U2SURP-207ENST00000472373 1182 ntTSL 22.49□□□□□ -2.013e-6■■■■■ 118.2
SF3B1O75533 MCM7-211ENST00000491245 648 ntTSL 1 (best)10.1□□□□□ -0.792e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 ASPSCR1-219ENST00000584454 1919 ntTSL 1 (best)23.65■■□□□ 1.382e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.352e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.262e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.674e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.584e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.544e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.384e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 BLOC1S5-206ENST00000627748 1273 ntTSL 1 (best)16.69■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 BLOC1S5-201ENST00000244777 2445 ntTSL 1 (best)16.63■□□□□ 0.254e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.194e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.154e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 BLOC1S5-205ENST00000543936 368 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.184e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 BLOC1S5-TXNDC5-201ENST00000439343 3030 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 AP1B1-203ENST00000402502 2935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.524e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 AP1B1-204ENST00000405198 3838 ntTSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.634e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.961e-6■■■■■ 118.1
SF3B1O75533 TRIM65-204ENST00000543309 865 ntTSL 217.13■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 PTK2B-214ENST00000521164 554 ntTSL 415.32■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 PTK2B-216ENST00000522338 539 ntTSL 315.29■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 PTK2B-217ENST00000522517 651 ntTSL 313.16□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 MSN-201ENST00000360270 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.68□□□□□ -1.023e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.242e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.712e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.632e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-211ENST00000557997 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 TLE3-225ENST00000561453 3719 ntTSL 513.98□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 AFF4-209ENST00000491831 1667 ntTSL 1 (best)18.22■□□□□ 0.513e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 AFF4-206ENST00000465484 1729 ntTSL 1 (best)17.92■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 118
SF3B1O75533 MXD4-202ENST00000510822 561 ntTSL 318.37■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 MXD4-205ENST00000515378 522 ntTSL 216.2■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 LIG3-205ENST00000585941 1699 ntTSL 1 (best)14.74□□□□□ -0.054e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 MXD4-204ENST00000513380 624 ntTSL 513.75□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 LIG3-204ENST00000585740 887 ntTSL 311.7□□□□□ -0.544e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 LIG3-210ENST00000588109 592 ntTSL 45.65□□□□□ -1.514e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 PKMYT1-220ENST00000576268 1091 ntTSL 319.48■□□□□ 0.713e-7■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 PKMYT1-218ENST00000575632 979 ntTSL 218.8■□□□□ 0.63e-7■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 PKMYT1-214ENST00000574415 1006 ntTSL 518.63■□□□□ 0.573e-7■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 PKMYT1-207ENST00000572059 880 ntTSL 517.81■□□□□ 0.443e-7■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 PKMYT1-208ENST00000572619 495 ntTSL 417.25■□□□□ 0.353e-7■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 NSUN6-201ENST00000377304 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.38□□□□□ -1.233e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 RAP1GAP-213ENST00000611549 4294 ntTSL 513.65□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 RAP1GAP-201ENST00000290101 3584 ntTSL 5 BASIC12.53□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 RAP1GAP-206ENST00000374765 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 RAP1GAP-212ENST00000542643 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.712e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 CLPTM1L-214ENST00000513250 567 ntTSL 316■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 CLPTM1L-203ENST00000503151 627 ntTSL 314.68□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 CLPTM1L-210ENST00000508765 631 ntTSL 314.13□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 CLPTM1L-202ENST00000503042 3540 ntTSL 211.37□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-206ENST00000561543 931 ntTSL 327.52■■■□□ 23e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-203ENST00000534964 4590 ntTSL 216.54■□□□□ 0.243e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-207ENST00000562135 581 ntTSL 58.4□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-202ENST00000399202 3048 ntTSL 1 (best)7.5□□□□□ -1.213e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-213ENST00000568863 468 ntTSL 44.38□□□□□ -1.713e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-201ENST00000261844 4217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.08□□□□□ -1.923e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-205ENST00000561490 547 ntTSL 41.5□□□□□ -2.173e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 FAM214A-209ENST00000566768 576 ntTSL 31.3□□□□□ -2.23e-6■■■■■ 117.9
SF3B1O75533 LAMA5-202ENST00000370677 1674 ntTSL 221.1■□□□□ 0.974e-7■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.61e-7■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.37e-6■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.137e-6■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.087e-6■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 PTK2-255ENST00000524202 3014 ntTSL 1 (best)8.12□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 117.8
SF3B1O75533 FAM98C-209ENST00000589408 542 ntTSL 226.01■■□□□ 1.754e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.754e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 RPL22-204ENST00000465387 508 ntTSL 223.65■■□□□ 1.382e-6■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 FAM98C-208ENST00000589029 478 ntTSL 322.41■■□□□ 1.184e-8■■■■■ 117.7
SF3B1O75533 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.054e-8■■■■■ 117.7
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1487 ms