Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP4AQ9BY43 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms