Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms