Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMD1Q9UGP4 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms