Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms