Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
RPF1Q9H9Y2 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
RPF1Q9H9Y2 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
RPF1Q9H9Y2 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
RPF1Q9H9Y2 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
RPF1Q9H9Y2 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms