Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4AQ9BY43 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4AQ9BY43 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms