Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
NCBP3Q53F19 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NCBP3Q53F19 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.73
NCBP3Q53F19 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
NCBP3Q53F19 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms