Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXF1Q12946 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
FOXF1Q12946 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXF1Q12946 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms