Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS41P49754 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS41P49754 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS41P49754 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS41P49754 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS41P49754 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS41P49754 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS41P49754 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS41P49754 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS41P49754 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS41P49754 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS41P49754 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS41P49754 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS41P49754 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS41P49754 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS41P49754 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS41P49754 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS41P49754 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS41P49754 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS41P49754 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS41P49754 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS41P49754 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS41P49754 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS41P49754 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS41P49754 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS41P49754 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS41P49754 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS41P49754 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS41P49754 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS41P49754 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms