Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SHMT2P34897 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHMT2P34897 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SHMT2P34897 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHMT2P34897 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHMT2P34897 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHMT2P34897 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHMT2P34897 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms