Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXD9P28356 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXD9P28356 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms