Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL5A1P20908 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
COL5A1P20908 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL5A1P20908 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms