Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms