Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms