Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms