Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA1Q96BD8 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.6 ms