Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HIF3AQ9Y2N7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms