Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS39Q96JC1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS39Q96JC1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms