Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGB4Q8WW32 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
HMGB4Q8WW32 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HMGB4Q8WW32 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HMGB4Q8WW32 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms