Protein–RNA interactions for Protein: P43699

NKX2-1, Homeobox protein Nkx-2.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 371 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-1P43699 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
NKX2-1P43699 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
NKX2-1P43699 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
NKX2-1P43699 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
NKX2-1P43699 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms