Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMARCA1P28370 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMARCA1P28370 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SMARCA1P28370 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
SMARCA1P28370 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.7 ms