Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX1P28360 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX1P28360 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX1P28360 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX1P28360 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSX1P28360 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSX1P28360 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSX1P28360 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX1P28360 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX1P28360 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSX1P28360 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSX1P28360 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX1P28360 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX1P28360 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX1P28360 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSX1P28360 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX1P28360 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX1P28360 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSX1P28360 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSX1P28360 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX1P28360 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX1P28360 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX1P28360 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX1P28360 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSX1P28360 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX1P28360 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX1P28360 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX1P28360 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX1P28360 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX1P28360 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX1P28360 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX1P28360 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX1P28360 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX1P28360 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX1P28360 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX1P28360 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX1P28360 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX1P28360 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX1P28360 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX1P28360 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX1P28360 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX1P28360 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX1P28360 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX1P28360 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX1P28360 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX1P28360 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX1P28360 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX1P28360 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX1P28360 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX1P28360 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX1P28360 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX1P28360 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX1P28360 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX1P28360 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX1P28360 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
MSX1P28360 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX1P28360 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX1P28360 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX1P28360 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX1P28360 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms